附录一
崇祯长编（残本六十六卷）选录
天启七年（九月）
崇祯元年（正月、二月、三月、六月、七月、八月、九月、十月、十一月）
崇祯二年（二月、闰四月、六月）
崇祯三年（正月、二月、三月、五月、九月、十一月、十二月）
崇祯四年（正月、二月、五月、七月、十二月）
崇祯五年（正月、二月、三月、四月、五月、七月、八月、九月、十月、十一月、十二月）
〔天启七年秋九月〕丙子，巡抚福建朱一冯以漳、泉两郡各设路将一员，南路参将驻铜山、泉南游击驻中左，汛地各分，不相统属；续因倭警，欲重海外事权，故假以泉南之节制，衙门不殊，体统顿异：年来几成争府，猜嫌日积，误事可虞！请仍各保地方，不相节制。
〔崇祯元年春正月〕己丑，闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。于是工科给事中颜继祖纠咨皋并副将陈希范兼为死难把总洪应斗请恤，言『铜陵之战，应斗忿不顾身，手刃贼级数十颗；贼以火攻应斗，应斗还举以贼。希范扬帆远遁，降将杨六、杨七坐视不救。应斗自知不免，抱铜铳自溺于海，贼钩其尸而寸斩之。希范既以自免，犹诬应斗以不死；将谁欺乎？南路副总兵赵廷〔元〕不爱钱、不怕死，先年为闽都阃，曾以双箭射猿，负鹰扬之望；宜筑大将之坛，听其便宜行事。漳守臣施邦曜惩接济而绝勾引、行保甲而练乡兵，奸民稍戢。龙岩知县余应桂一清如水，慷慨任事，区区岩邑，不足尽其掀揭之才；宜调补海澄，庶咽喉得藉锁钥而鸾凤可作干城也』。旨以『闽寇纵横，皆各帅积玩所致。俞咨皋解任，陈希范作何处分？赵廷元应与调前缺。兵部星速咨会抚、按确议具奏』。
〔二月丁未〕，福建巡抚朱一冯病免，总兵俞咨皋逮问。
壬子，刑部侍郎丁启睿荐新升福建布政〔使〕熊文灿才堪办贼、原任兵部郎中徐日久晓畅兵事；下所司推补。
〔三月壬戌朔〕，熊文灿〔为〕都察院右佥都御史，巡抚福建。
〔癸亥〕，兵科给事中林正亨疏陈海上机宜：一、议将领。总兵官勿再用本省，庶不狗情面而误封疆。一、足粮饷。请籍吴淳夫及俞咨皋家，以充兵饷。一、练兵实。核虚冒老弱并严克削之罚。一、修战具。造舡制器当委廉能官员，务裨实用。一、复卫伍。一、禁接济。旨：『如议饬行』。
丙寅，福建巡按御史赵荫昌请禁洋舡下海；下所司议。
〔辛巳〕，福建巡抚都御史朱一冯罢；兵科给事中张鼎延纠其抚闽不效也。
〔夏六月壬子〕，初，海寇郑芝龙先从海贼颜枢泉；枢泉死，遂有其众。天启末，乘闽饥，益招致多人，攻广东海丰嵌头村，既得而复弃之；仍入闽，图中左所。然而不杀不焚，颇有悔罪之意。兴泉道□□邓良知因遣其乡人李瑞、陈凝、陈瑶往抚之，又命芝龙母舅黄梦龙剖析利害；芝龙遂于正月十八日就中左所受抚，余众渐行解散。至是，御史苏琰条议三事：一、请列之汛地，以便令立功。一、议处补沿海兵饷，并请核先年剿杀红夷糜费十八万之饷。一、议处水陆寨游分哨合援，无拘积套。章下所司。
〔秋七月庚午〕，福建巡抚熊文灿因剿海寇，请借留本省辽饷。下户、工二部议。
〔癸未〕，纳海寇郑芝龙降。芝龙称兵海上，颇禁淫杀；不攻城堡、不害败将，人多言其求抚之心颇真。至是，抚臣以请，帝谕兵部曰：『郑芝龙啸聚弄兵，情罪深重。据奏敛众乞降，缚送伙党陈芝经输情悔罪，尚有可原。朕方弘恢武略，宣布德威；念此海滨蠢聚多迫饥寒，涂衅锋镝，亦属可悯！姑准抚臣朱一冯、按臣赵胤昌等奏，给与札付，立功自续：舟中胁从，尽令解散；海上渠魁，责令擒杀。俟果着有功绩，应否实授？奏请定夺』。
削闽抚朱一冯籍，以地方失事也；辅臣李标等申救，一冯仍候勘议。
〔八月丙辰〕，候补给事中马思理疏劾俞咨皋业经抚、按解京而优游道中未至，且言其烧舡不报、弃城潜逃、冒饷、通夷确据。旨：『令部、院速查其稽到之故并四事，到日并究』。
〔九月〕丁丑，工科给事中颜继祖言：『郑芝龙既降，宜责其报效；闽帅俞咨皋误国以后，不可更用闽人；并请恤录铜山、鹭门骂贼战死之把总骆大进、庄绍庾、蔡以藩、洪应升等』。从之。
〔冬十月〕丁酉，兵部覆浙江抚臣张延登「海寇情形疏」言：『郑芝龙虽就抚于闽，而余党犹流毒于浙。昌国被其攻围、官船被其烧毁，猖獗之势莫可向迩。所幸将士用〔命〕，戮力协攻；蠢此么么，凶锋稍戢。然锺闫三贼虽曰遯回，而周三老尚伏台之大陈山，且欲借倭兵而复仇。贼势既分，贼心必二；若不乘此剿灭，必致滋蔓难图。抚臣议申严泛海之禁，建威销萌之意也；议复仑山台之守，据险阨要之法也。温、台、象原系比邻之地，休戚相共；合三区而调度，所以连率然之势也。阃外之事，原不可以遥制。况抚臣亲在行间督率将士履险蹈危，严稽核以杜其欺、信赏罚以作其勇，情形洞悉，擘画皆宜。诸所条陈，如发兵必合三区、防汛须兼六月，贼不用抚而用剿、不用合而用分，机宜悉协；皆当逐一举行。闽抚亦当严谕芝龙，令其擒贼自效』。如议行。
南兵科给事中钱尔鲸疏劾闽抚朱钦相；令从公查勘。
〔十一月庚午〕，刑科给事中刘斯琜言：『八闽寇乱，肇自俞咨皋；而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑！朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请；何以坐「规避」之条！以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽弁分过；又宁有为国家任事者乎』？帝责其代辩，不听。
〔丙子〕，浙江巡抚张延登疏海上大陈山之捷。海寇周三老久据大陈山，延登于七月中会师往剿；及是荡平，三老遁入海洋，擒获渠魁林七老等二十四人，以有功将士疏闻。下巡按御史核奏。俞咨皋拟决；免，革世职。
〔崇祯二年春二月〕癸丑，提问福建巡抚朱一冯疏辩海贼郑芝龙猖獗在先，受事在后；且为逆珰所忌，举劾不行，以致不能立功。章下所司。
〔夏闰四月丙辰朔〕，礼部尚书何如宠等疏言：『琉球国已故中山王尚宁世子尚丰承袭父爵，已奉册封。但琉球介在海岛，唐、宋以来不通中国；惟我高皇帝威灵遐鬯，始来朝阙下。自后凡新王嗣立，皆请命敕封，遣给事中一员为正使、行人一员副之。从福建造海船，二、三年乃成；所需材料、匠作，糜费物力不赀。供亿装设，一有不备，不可以行：闽甚苦之。在万历中年，廷臣即已建议，谓区区绝岛，不宜轻易遣使臣泛海万里之外；请自以后颁诏于海上，令彼使臣北向稽首拜诏而还。虽未奉旨，而彼时翕然称便。此在物力完足之时犹然，而况今之八闽议兵、议饷，公私交困；乃重以骚动之，似多不便。且今之海上又非太平无事之比，万一不戒于鲸鲵，则伤体辱命，关系实大。乞皇上俯恤民艰，酌行大典；遣官颁诏海上，谕令该国领封：永着为令。万世之便，端在于是』。得旨：『建封海邦，用示无外。这袭封琉球国王，还遵照累朝典制，遣官册封。一应礼仪事宜，参酌旧例行』。
〔六月甲寅朔〕，遣户科给事中杜三策、行人司副杨抡册封琉球。
〔丁卯〕，户科给事中杜三策疏言：『臣向遭珰祸，里居四年；鼎镬余生，重见日月。今册封琉球，万里之行将有日矣。在朝诸臣有怜臣摧折已久者、有怜臣子尚幼者，臣义不受人怜也。然有一、二应除事宜，不得不为我皇上陈之。欲航海，必先造船。此船规制长十七丈，阔三丈有奇。曰■〈稳，舟代禾〉、曰舵、曰桅，采自闽中；非数百年之木不用，非数万人之力不能运。闻往时船完或二年、或三年，木植、工价与臣等种种供应，费皆不赀。臣等以为欲集事，必须重事权。臣虽远在海澨，犹是皇上耳目臣也。如不应命，许臣不时参奏；庶事权专而工课速，使命不至久稽矣。欲船坚绖，莫如用人。此一船者，臣等之命系焉。应委同知一员、指挥二员专董此事，船完例同过海；彼知身与利害，则所造之船自然坚绖如法。事完之后，一体优擢。至于流寇充斥，所在见告；海上红夷，出没无常。倘海寇突发，该省抚、按发兵护卫；勿以事不相关，视如秦、越』。得旨：『所奏即与覆行。所司知之』。
〔崇祯三年春正月丙午〕，福建海贼李魁奇，初与郑芝龙并降；已与芝龙有隙，复去焚掠。既而复从巡抚熊文灿乞降，文灿以闻，帝命相机剿抚；文灿遂一意主抚，以魁奇与芝龙疑衅未解，遣分巡兴泉道蔡善继宣谕魁奇：既一心投诚，务尽偿焚毁船器，以明无他；且令与芝龙推心置腹同为王臣，永释雠怨。芝龙、魁奇遂立军令状，歃血订盟，共捍疆土；以海道之南专责魁奇，海道之北专责芝龙。文灿以闻，帝命慎加操纵，毋得疏玩！
〔二月辛亥朔〕，福建巡抚张三谟以闽人刑部主事黄导爵疏奉有「赵庭贪懦，抚、按何得尽隐」之旨，具本奏辩谓：『李魁奇既抚复叛，原因与郑芝龙相妒而起。厥后赵庭开谕解散，魁奇渐听约束；虽无灭此朝食之勇，亦足以息目前焚掠之忧。臣前疏已明，固未尝谓赵庭为「勇」。若欲加之以「贪」，无论羽檄交驰，非镇臣攫利之时；而放粮修船册籍炳着，亦无所容其扣克也。至筹海之策，固不出剿、抚、守三事。而臣以为剿必闽、粤、浙三省合力联为首尾率然之势，厚集兵力，刻期夹攻；就当有游兵若干，以为往来救击之用。贼至之日，不得守近而望远，亦不得顾此而弃彼；要在即守行剿，得以逸待劳、以主制客之势，乃为胜算。抚则不过偶用以为缓贼、间贼、解散党与及时修备之计耳。若夫安身立命、置于不败，三者之中当以守陆为上；此非上下文武合为一心、新旧官兵尽归大将节制，骄者降其心、怯者鼓其气、异者商于同，当事者亦何所措手以为地方安堵计哉』！帝报曰：『赵庭情事，已闻之矣。闽海御寇既以守陆为上，其即严敕将吏协心剿抚，以安地方』。
〔戊辰〕，福建巡抚熊文灿报援兵二千、火炮一百二十具，令掌印都司蔡时春于正月十五日督领入卫。帝以文灿选兵解炮，嘉其急公；且谓福省正在御寇，命加意绸缪，勿致单虚滋患。
〔丙子〕，两广总督王尊德疏报：『闽贼李魁奇阳言就抚，而聚兵造船，肆毒无已；由闽及粤，其祸蔓延。福建抚夷守备郑芝龙亲督标兵并新抚船只在中左港合攻，魁奇就擒，其党斩溺无算：海氛肃清』。
〔三月癸卯〕，兵科都给事中张顺云驳正万历四十五年五月中倭船漂泊福建东沙，生擒真倭六十七名、斩首二级功次：『查系飓风漂来，与入寇者有间；失船被获，又与对阵者不同。忆万历三十六年先臣万邦孚总兵福建，有倭船失风被获，抚、按欲僇之报功，邦孚以风汛所飘，且船无兵械，非寇盗之比，坚执不从；尽释所获三十五人，资给遣还，以怀异域：闽人至今颂其仁。福省前事不远，兵部疏覆东沙之绩，乃为旧抚请赠、请荫。赠或典例所宜，荫则未可轻与。其道府将领量行赏赉，以劝海防，应如部覆』。帝以倭功久未勘奏，今经科臣查核既非入寇、对阵，何必论叙；所请概不允行。
〔夏六月壬戌〕，刑部浙江司主事黄道爵以福抚熊文灿「为赵庭辨明」一疏有云：「赵庭督率官兵收服降众」，若以为有功而无罪者；兵部奉旨确核。道爵因备列其贪懦各款以闻。帝以赵庭贪懦情状俱有证据，是否公确？兵部其从公勘明回奏。
〔秋九月己亥〕，浙江巡抚陆完学疏报闽寇五百余艘自福建屏风外洋突犯温区，调发援兵大小战舰合剿；贼见官兵势盛，不敢深入，遂于七月二十五日远遁。帝命陆完学严督道将防剿，不得以暂驱出洋了事。
〔冬十一月癸卯〕，兵科给事中黄绍杰疏奏：『秦、晋之寇，饥民与饥兵相半。当悯其不得已之情，招而怀之；更量免催科，以收人心。而关门近日捷报，不过斩获数级以为塞责之计。闽抚熊文灿因郑芝龙之计，密僇李魁奇，贪为己功；徒使家丁骚扰，暮夜攫金，致地方有「城门昼闭、私门夜开」之谣：甚非皇上久任责人之意也』。帝谓『流贼协图剿抚，关、宁勿狃小捷；已有成命。熊文灿事，所司其确核以闻』。
〔甲辰〕，福建巡按罗元宾疏奏：『锺斌就抚之后，以郑芝龙势不相下，惧其见袭，复行狂逞；谨联络各澳并寨游兵分为数师，前后左右掎角声援，多方以误之。又以陆兵、乡夫紧守要害，设疑布伏以防冲突。且绝其汲道，不十日而饮食穷、火器尽，庶几困兽釜鱼可就而缚也』。帝谓『剿抚原宜互用，宁可水陆均受其害？熊文灿其速计辑宁，毋专恃抚贻患』！
〔十二月乙已朔〕，兵部尚书梁廷栋上言：『闽寇之起也有二，其猖獗也有四，其蔓延而不可扑灭也有二。请言其起：闽地瘠民贫，生计半资于海——漳、泉尤甚。故扬航蔽海，上及浙直、下及两粤，贸迁化居，惟海是藉。自红夷据彭湖而商贩不行，米日益贵；无赖之徒，始有下海从夷者——如杨六、杨七、郑芝龙、李魁奇、锺六诸贼皆是：此贼起之一。闽之土既不足养民，民之富者怀资贩洋——如吕宋、占城、大小西洋等处，岁取数分之息；贫者为其篙师、长年，岁可得二、三十金。春夏东南风作，民之入海求衣食者以十余万计。自红夷内据，海船不行；奸徒阑出，海禁益严。向十余万待哺之众，遂不能忍饥就毙；篙师、长年，今尽移其技为贼用：此贼起之二。其猖獗也，承平日久，武备全弛：兵船非不大造、小造，汛地亦有春防、秋防；而篷不可扬风，船不可破浪，涂人像卒子虚乌有，有警惟恃欺掩，而贼始大肆无忌。此狷獗之一。贼外附红夷，于是杨六、杨七抚矣；杨六、杨七抚，而余党仍归郑芝龙。至芝龙，则所资者皆夷舰、所用者皆夷炮，连■〈舟宗〉至数十百艘；又能不妄淫杀、不妄焚掠以假窃仁义之名，故附之遂以日众：此猖厥之二。芝龙起，杨六、刘七逃——李魁奇、锺六皆其徒党，兵船、民船悉被焚掠，而海尽贼矣。在芝龙，实无一日忘抚；地方士民苦贼，亦群上书抚、按代芝龙求抚。盖芝龙虽少杀掠，然海绝营运、地值旱饥，漳、泉之民死亡已逾十三。积敝之后，振刷为艰；残破之余，收拾不易：故不得不出于抚。此猖獗之三。芝龙既抚，当事者若能推诚待之，藉其人船、器炮以剿捕余党，归正者稍为安辑；则贼早平矣。无如因其既抚而易视之，且有所挟以苛求焉：责之以剿捕、靳之以月饷、苦之以点阅；李魁奇遂劫其人船、器炮以复叛，而漳、泉之焚杀无虚日矣。此猖獗之四。新抚之寇，苦于文法之督过与贪弁、势豪之索勒，愤懑已极；魁奇乘之，意在败抚以杀芝龙，而以身要抚如芝龙昔日图杨六、杨七之故智。故一哄于广东之电白，而副将陈拱之舡二百被焚；再哄于兴化之吉了，而金富、廉贡、王猷之舡二百亦烬。芝龙乃自裹糇粮、备器用之闽之粤，日与寻杀；然而兵寡力单，悉被挫衄：此蔓延而不可扑灭之一。今春芝龙结锺功；不惟攘其功，且问贼之筐箧。或所获者巨室戚属、势豪仆役，则又诬以擒杀平民。于是地方不患贼而患兵，不苦贼而苦官、苦豪。若部署乡民，多悬赏格；移养兵之金钱、出空衔之部札，能率百人以上擒贼自效者即与一札，累功百余即准实授员缺。生员人等或能纠众杀贼累功百余者，附准廪、廪准功、吏典准咨部听选；得贼资器悉赏其人，官不得问：则人人皆兵、人人皆将，有兵之赏，无兵之费。又令粤镇移驻惠潮以抑贼之下流、浙镇移驻沙埕以制贼之上游，而一切以乡兵悬格之法行之，则敌之者众而贼不足破矣。何谓与其生？夫一日不再食，虽父母不能谢其子。即设法解散、擒捕，只可以已既乱之贼，不可以已将来之贼，旋扑亦恐旋起耳。不如乘此红夷警息，稍宽海禁，给引出洋；使十余万之众皆得有所衣食——如神庙末年海舶千计、漳、泉颇称富饶；其时即令之为贼亦所不屑，何至有今日之乱乎！况海舶既出，又得藉其税入以造舡、养兵、裨益地方不浅矣』。帝谓『戢御各款，具见筹划；命依议饬行。至海禁之开，利害孰胜？仍令抚、按酌妥以闻』。
〔壬戌〕，兵科给事中魏呈润陈闽海剿灭机宜六款：一曰重守土以练民、、二曰严信地以核兵、三曰给功票以用间、四曰募渔户以夹援、五曰酌洋禁以通商、六曰连道属以兼制。帝谓『所奏多有可采，但严保甲与开洋禁似难并行。所司从长酌覆』。
〔崇祯四年春正月丙申〕，福建贼锺斌啸聚山海，为害日久。郑芝龙、郑芝虎等统六共图魁奇，锺六亦令其伙栖竹来约芝龙。在锺六只欲自郑图李，剪其所忌而无意于抚；在芝龙只欲藉锺收李，先孤其援以待后举；在地方当事祗束手旁观，幸渔人之收耳。魁奇既获，锺遂有其人众、舡器，其势益张，而防芝龙且益密；拥众海上，藉名要赏，实不欲抚。若能许以维新，题授一职以羁縻之，多方招徕以解散其党，锺六即狡，无能为也。乃计不出此，坐视掠杀以去。今且扬航入浙之沙埕，归而纵兵抢掠矣。此蔓延而不可扑减之二。然而臣谓贼不难平也，其策有四，惟在携其党、散其众、树其敌、与其生而已。何谓携其党？今日之锺六，断无赦礼，能得空名部札数道阴诱其伙栖竹、瑞云等贼，许以擒锺自续，且准实授官职；而更授策芝龙以合图之，锺六之首可旦夕致麾下矣。何谓散其众？贼之受抚也，其伙动以万计；其桀骜不肯安于无事者，大约十（千）余耳。杨六、杨七抚而此辈归芝龙，芝龙抚而此辈归魁奇，魁奇擒而此辈仍归锺六；即异日锺六擒，栖竹、瑞云抚，此辈又将引领他属矣。非其人喜乱，亦势逼之而然。盖其人欲散而归农，则不胜邻里之侧目；欲聚而为兵，则不胜文法之征求。兵之饷不得领而贼之名不可易，惟有终其身归贼而已。若肯宽之一面而调之别处，或防登莱、或防旅顺，即身（自）备安家、行粮，亦其至愿：此皆地方官绅所详知，第莫为申请耳——如昔年抚贼袁进以防登行而安静无变，是其验也。此数千桀骜之贼一去，而余伙无能为矣。何谓树其敌？民被贼久，亦既人自为战、家自为守矣。所苦者乡兵，得贼，官兵掠以为舟南下，于十一月十三日战平林湾，锺圭败死，其部党俱逃溃。十九日，复犯崇武东，道标千总王佐、朱臣督兵继至，阵斩贼首十一颗，生擒真贼一名。二十五日，贼奔平海；郑兵追及，锺贼丧魄，悉弃巨舰、器械，伏匿小舡潜遁粤中。巡按罗元宾驰檄两广会师夹击，仍令芝龙兄弟奋力追袭，以擒灭为期。随于正月二十一日芝龙自烈当城出师，次日抵古雷湾，侦知锺船伏南澳宫前；芝龙四鼓分兵而进，锺贼亦分队预防。比我舡至，四旁围攻；锺斌一舡突出海外，驾走如飞；芝龙督把总陈经武、陈豹等扬帆遍追，不得踪迹而回。于是散捕党与，共计犁沈贼船九只、攻擒贼船十一只，阵斩二百九十级：元宾捷书以闻。帝命再督芝龙等并力擒捕，务期必获，不可以穷寇置之。
〔丁酉〕，福建巡抚熊文灿续解本省援兵月粮并那解银二项，帝命照数核收。
〔辛丑〕，叙广东、福建剿平山寇功，文武各官并士民升赏、纪录有差。
〔二月丁卯〕，福建巡按罗元宾疏覆兵科给事中马思理「条议海寇未靖」一疏言：『闽中年来夷寇交讧，海滨之民未得安居乐业。而原任工部侍郎董应举实心干济，加意绸缪；处湖海而分庙廊之忧，保桑梓而增省会之障：命其子南京前卫经历董名玮招练乡勇、联络渔兵，俾水陆之声势藉以壮观。因此巨魁授首，贼氛渐靖。福州一路幸安衽席，皆应举之功也。若郑芝龙已能为吾用命，无复往时要挟之状；驾驭操练在臣与道臣，自应有以摄其气而柔其心，无容再议。惟彭湖孤注海外，去漳、泉度河二千里而遥。往红夷难作，欲踞此地，窥吾门户；特设游击一员，统兵驻之。但闻此地无高山深泽，耕牧不便，戍守为难；又茫茫巨浸之间，训练、稽查皆非易事：撤其外以实其内，亦今日救时急着。而说者谓海寇未靖，恐有不逞之徒一旦乘虚窃据，便贻他日无穷之忧；则目前惟有严虚冒、慎进止，姑俟氛祲渐消，即为更置之图：此为确论也』。
〔己巳〕，福建巡抚熊文灿以大计被参，疏请罢斥；帝温旨慰留。
〔五月丙戌〕，海寇锺斌负郑芝龙两创之后，潜遁外洋，莫可踪迹。巡按罗元宾与芝龙及刘世科等计议，令其阴布哨探，伺诸金门上下间。已而果得其踪迹于沙洲官前，芝龙等鸣钲直进，复潜遣舟师从外洋夹攻，困之于甘桔洋中；贼力竭势穷，身投蛟窟，获其所坐之舡，其厮仆沈溺者无算，生擒八十余人：元宾列状以闻。帝谓『奏中铺奖过多，仍令确核覆奏』。
〔秋七月〕丙申，福建巡抚熊文灿以海寇李魁奇、锺斌相继殄灭，海上肃清；因上疏备陈通洋利害，并述诸臣条议请开漳、泉二府洋禁以苏民困而足国用。章下所司。
辛丑，广东道试御史宋贤上言：『从来寇盗窃发，要在治之得人、处之有方，斯不难化绿林为赤子，消祸乱于萌芽；断非泛泛然一抚即可结局者。臣请得而分言之。诸盗中惟郑芝龙为可抚。盖当日纵横海上虽势甚猖獗，然闻以劫富济贫为口实，从不攻一城、戮一民，其意颇善。此所谓草泽英雄，可收以为用者。故一抚即自帖服，且能出其死力歼其党类以报效朝廷；故闽、广咸嘉赖之。若山、陕，则悍卒顽民相煽为乱，其勾连套插陨我官兵、戮我苍赤、破陷我城池，逆恶滔天，不容于死；而当事者犹执抚之一局以养乱纵奸，臣不解也。盖抚之之法，必我之声灵克振，足以制其死命；使彼惮而不敢逞，其抚局始坚。苟不察其顺逆向背，一味退缩、百计央求，是养饥鹰、止儿啼耳；何其懵也！即今神一魁抚矣，未见其讨贼自效如郑芝龙，徒区区假级冒功；臣恐归情之真伪，尚未可知也。况近闻三秦时势，兵以抚而益懈，寇以抚而益骄；倘一旦勾连反侧，祸将更烈。今抚臣业奉「亲历行间」之旨，不于此大展兵威、亟奏荡平，复何待也；至曹、濮之寇盗，抑又有异焉者。以其间皆莲妖余孽，出入不时、聚散不常：官军未至，则跃马鸣镝；官兵一至，则抛戈荷锄，乡邻不敢举、官府莫能辩。故遍地是贼，而终难执真贼是何人；是处皆巢，而终莫定巢穴于何所。良楛共器，玉石难分：此又非抚剿所能除者。臣谓宜速谕山东、河南、北直抚按查〔曹〕、濮周围三百里州县，尽选调廉能甲科，同心分治：务令省刑罚、薄税敛以爱养之，使不忍为盗；严保甲、练乡兵以镇压之，〔使〕不能为盗。仍密访勤捕，取真正渠魁而歼之；则先事消弭之计得，纵有窃发，不难折棰驱之矣』。
〔冬十二月壬申〕，吏科给事中曹履泰上言：『海寇之乱，自郑芝龙就抚、李魁奇锺斌相继擒灭之后，比来海波不扬，濒海百万生灵得以安居乐业，似可无虞；然正未足恃者。盖之海之有寇，譬如秋林坠叶，旋扫旋有；不可偷一日之安，忘百年之计者。而欲为先事之防，其道有四：一在择将、一在精兵、一在除民害、一在定应援。四事兼备，然后严保甲、清巨窝、禁接济、除向导：种种防御，庶或恃以无恐。苟不此之务，而专以海上事任芝龙办之，此臣不能不为之鳃鳃过计者也。若夫爵赏刑威，乃惩劝大柄。以纳贿酿祸之俞咨皋，不即弃市，尚使之苟延视息；何以严失律之警！熊文灿四年劳苦、一旦廓清，论功自应超擢；而曾无一级之迁，恐无以风励豪杰！臣因为封疆计而并及之』。帝谓『所陈有裨善后机宜，令议饬行。文灿向曾被参，今特恩委任，足示风励；宜悉心料理，以俟课绩论叙』。
〔崇祯五年春正月壬戍〕，兵科给事中林正亨以闽寇初安无事，愈当为有事之防；惩前毖后，不可不豫图救弊长计：疏陈裁冗员、定汛地、实营伍、修战舰四事。章下所司酌议。
〔二月辛卯〕，广东巡按梁天奇以流贼锺凌秀突出龙南，而守备刘锺秀官兵损折；又窥入南、韶，而乐昌知县林开馥被掳：开馥虽经放还，种秀匿不以报。乃特参失事将领李廷基、邓懋官及南韶降级道臣瞿士达、韶州知府吴士熙、捕盗通判翁日扬等。
南赣巡抚陆问礼疏奏：『流贼陈万、锺凌秀、全斌等东奔西突，四出标劫，滋蔓不已。臣曾具「三贼流突靡常」一疏，请三省大举会剿；枢部以军糈不继，其议遂寝，但令臣等设法解御。臣凛遵庙谟，先后擒杀、解散虽已数千，而余孽未尽，迄今尚鸷伏于保昌、崇义之间——山路多歧，处处可犯；分防则兵力愈寡，会剿则东追西窜、南走北奔。臣名一镇，实止南、赣二府；兵仅二万，止足捍御一隅。况当屡次搜括之后，饷匮不继，万不能独支此贼！两广总督王业浩挈提两省之纲，固足调狼、土主客等兵，但亦库藏如洗，难责其徒手剿贼。乞念东南重地，贼势至此，非一劳不能永逸；特敕督臣从长酌议，量留何项钱粮以资兵饷，督发大兵移驻要地，相机协剿。再敕湖广、福建抚臣各发锐兵良将与臣四面夹攻，以早收荡平之效』。帝以其奏与梁天奇矛盾，敕部查核。
癸已，升熊文灿为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务、兼理粮饷、带管盐务，巡抚广东地方。
〔三月甲辰〕，升邹维琏为右佥都御史，巡抚福建。
〔夏四月〕辛未，再叙福建歼除海贼功，熊文灿再加服、俸一级，赉银二十两、纻丝二表里；罗元宾准复原职，吴旸、蔡善继各赠太仆寺卿，徐日久、陆卿任、王猷各赠官一级，申绍芳、朱大典、施邦曜各加俸一级，陈睿谟、桂绍龙、何万化、陆之祺、潘曾纮并赵维鼎等九员各赉银十两，陶崇政等七员准与纪录，董鸣玮优升一级，郑芝龙准实授游击，郑芝虎加实授守备，朱国勋、张永产各纪录，林察等四员各实授把总，黑大方恤银八两。
壬戌，给事中张承诏、傅朝佑、黄绍杰、御史蔡国用、祝徽、黄金贵、李右谠等以贼首锺凌秀虽降，其余烬复叛，于三月乙丑窜入瑞、连诸处，风闻瑞金已破、会昌被围；因合词上言：『自庾岭而下，一江直达会城；倘不早为备御，则自吉、临以至南、瑞荡然莫为制限，豫省之事有不可知者。乞敕南赣抚臣督率将士，或分旅进剿、或凭险堵截，速图剪除，毋令滋蔓！又因此寇剽悍异常，一隅未能独办；更乞严敕两广、闽、楚督抚仍遵「会剿」明旨协力夹攻，荡巢散党，以必尽为期，勿因离境遽止：斯根株既拔，一劳乃可永逸矣』。
〔五月〕己亥，两广总督王业浩疏奏：『自二月九连渠贼陈万授首、铜鼓渠贼锺凌秀降服之后，积年渠魁虽除，而余孽未尽。监军副使洪云蒸同总兵邓茂官等尽搜其巢，复斩三千余人，毁其窟穴；游击郑芝龙以福省海寇告急，抚、按掣回，而锺凌秀愿率精锐报效自赎。但九连等处初平，正须防护。福建守备郑芝虎屡立战功，骁勇无敌；今芝龙既回闽海，应留芝虎暂驻平远一路防镇，俟平定班师：则两省交得所赖矣』。章下所司查议。
〔秋七月丙午〕，兵部尚书熊明遇等上言：『粤寇蹂躏江省，于今一年。昨六月初旬，贼由吉安屠富田镇、入抚州，攻剽乐安，破刘田村、掠崇仁，占据华山，聚党几五千人。近且逼丰城境，望屋而食！所过焚烧，火起如虹蜺，距省仅两日程耳。会城震动，全无一兵，仅得乡兵三千为城守计，无分文之饷可以置械、犒军。旧抚候代，九江按臣东巡未返；仅司道数人捐俸数百金以助军兴，直同杯水之救。而乡市避难者争舟，指几可掬：则江以西之乱，岂下于山之东乎！合省糟粮，俱从抚、赣二江入省城水次会兑；今贼扼其中，不早扑灭，万一梗朝廷一年惟正之供，为患尤非浅小也。此贼尚在九莲，虽出没无时，然环九莲而居者犹习贼不畏，贼所掳获亦不奢；今纵之流突四出，江西大家富室多居乡镇，转掠千里，贼之资用益富，啸聚益蕃。是必操江兵乘风迅以遏其北逸，而闽抚邹维琏调郑芝龙兵一千五百由邵武入建昌、楚抚唐晖调镇筸兵二千由长沙入袁州、赣州兵从水路直下出于贼前，逼其归巢；而后广东之兵殚穴以洗荡之：庶几一劳永逸，而「会剿」之明纶不虚。若贼至一处乃拨兵守一处，及兵至而贼又流掠他处；弹丸之城、千家之村任其渔食，非计之得也。至所需粮饷，昨臣驰讯计臣，欲留新饷四万以纾目下，而计臣仅许三万；合无于臣部四年分应解驿递银再留一万，以足前数：庶三省会剿之兵到，犒劳有资；且可鼓励乡勇，不至以空拳当劲贼耳』。帝谓『流贼飘忽，往来会剿岂宜复缓！奏内留饷征兵诸事，俱依拟行。督、抚其务刻期驱剿，收荡平之绩。若再稽延宽纵，立罪不宥』！
戊申，南赣巡抚陆问礼请敕闽、广协剿，以尽铜鼓余贼。先是，铜鼓障贼锺凌秀既降复叛，为福建游击郑芝龙擒解两广总督王业浩军前实时正法，妻子与二、三死党皆就拘絷；余贼三千溃入长汀，转入瑞金。三省官兵屡截其前，贼散而复聚，进入太和县冠朝、东沔等处。四月十八日，芝龙同广东游击周一阳、南赣坐营邵勋、羊角堡把总金国柱更番杀贼七百余级，贼越山而遁；已又进兴国县绮冈地方，三省官兵夜半猝击，贼始迸散。五月初三日，突出永丰县；官兵堵之，遁入庐陵县富田地方。问礼遣坐营邵勋、把总朱国柱、营总朱家珍、广东西山参将徐云龙、原任参将张一杰、游击周一阳各统部兵从兴国追至庐陵境上，又遣都司佥书管长宁营事董大胜领兵五百名、原任守备曾士英领兵五百名由水路顺流至吉安府随贼剿捕，檄委分巡岭北道参议祁逢吉、赣州府同知邓曰崇随军纪功。闻礼以闻，且谓『贼败残余孽，惟于无兵之处逃遁掠食，冀缓须臾之死。但近日芝龙以海警回闽，广东将士又因兵食不继，亦欲回广；臣多方措饷，督令相继进发。乞圣明严饬两广新督臣熊文灿、镇臣邓茂官益简精锐、多备糗粮，飞驰协剿。芝龙兵将一心勇于赴斗，贼所深惮；并乞敕福建新抚臣邹维琏多发劲兵，责成芝龙合力剿除，以信「会剿」之旨：庶贼烬无再燃之虞，而三省有宁谧之日矣』。帝谓『会剿已申谕再三，问礼控制上游，纵贼蹂躏；且奏报稽久，复多隐饰之词：巡按御史何无一言？俱俟查明奏夺』。
乙丑，福建巡抚熊文灿疏报陈秀、郑芝龙、胡美等诸将击败海寇锺凌秀余党于海澄、太和、兴国诸处，获其战舰、器械、马匹等物。章下所司。
〔八月甲戌〕，福建巡按刘调羹以去年会剿锺凌秀，九月二十日有新渡之捷，二十八日有丙村之捷；十月十五直抵贼巢，有黄溪沙等处之捷：特疏为福建巡抚熊文灿、巡按罗汝元、兵巡道顾元镜、参将郑芝龙等叙功。
〔丙戌〕，江西巡抚解学龙疏奏：『永丰、吉水、庐陵诸贼本系九莲山余孽，今南赣抚臣虽檄岭北道率所部赴援，福建新抚臣亦檄守备高元极、孙继盛分两路协剿，臣更同按臣檄饶、南等各府兵统以袁州知府田有年、佐以饶州通判巢之梁相率而往，然寇从粤起，粤兵剿之不尽，致有今日；乃往往檄之不来，来而即去。除芝龙等委贼擅回，已经赣抚题劾，而近日黄牛冈之捷若肯乘胜而往，不啻秋风之卷败箨；乃贼溃于宁都、永丰之界，各兵去贼仅百余里，推诿延捱，绝无乱流径进之勇。乞敕粤、闽诸臣遵「会剿」之旨，四面合攻，尽力促之；一了百当，方许叙功可也』。帝谓『「会剿」已屡有旨，如将士玩法不前，即行参处』。
〔九月丁酉〕，福建海寇刘香老贼数千人、船一百七十艘乘风驾潮直犯闽安镇，焚劫抢杀，比舍一空；镇民逃散，省会震动。巡抚邹维琏与福建兵备道沈萃祯、巡海道潘融春同心戮力，竭蹶撑持；当遣游击王嘉勋带领标兵驰御，又遣陈廷对领营兵守梅花所，丘应坤、刘儁防御长乐、连江两县；檄乡绅董鸣玮散家财、募死士、集渔船以防五虎门。适游击郑芝龙以调剿江西流寇未发，遂留之以破门廷之寇。更悬千金，以购贼香之首；严禁奸民运米下海，以断贼饷。于是贼见有备，始撤营遁去。维琏上疏分别功罪，且引咎自责。帝谓『寇氛时逞，饬备宜严。维琏受事方新，当悉心整饬，以副简任；不必引请。其失事情形、各官功罪，着巡按御史详查确奏』。
〔乙卯〕，工科右给事中王家彦上言：『闽海猾贼周三、李魁奇、锺斌虽相继殄灭，而刘香老犹肆陆梁；剿扑之谋，不可不预为规度。考国初之制，卫所之军即兵、指挥千百户之官即将；以臣乡言之，如烽火、小埕、南口、浯峙、铜山五水寨之舟师，无非军也。至嘉靖四十二年，抚臣谭纶、总兵戚继光题复旧制，每寨设福、哨、乌、桨等号船四十余只，于五寨中分二哨屯大洋贼船必经之处；其余寨附近紧要港湾，则分哨以防内侵。又于道里适均海洋，定为两寨会哨之地；北抵浙之金盘、南抵广之柘林，联络呼吸，戈船相望。万历二十四年，抚臣金学曾委分守张鼎忠、都司邓锺相阅信地，复请添设仑山、海坛、湄州、浯峒、玄锺、礵山、台山、彭湖诸游哨，于一寨之中以一游哨翼之，错综迭出；虽支洋旁澳，无不搜焉。自升平久而额军、额船渐失旧制，指挥千百户等官足不逾城，会哨之法遂杳然矣。至因而而选民兵、募客兵、编乡兵又联渔兵，业与军而伍矣。昔之为军者一而可以杀贼，今之为兵者五而籍愈虚、贼愈炽；谈海事者所以太息也。按旧额而复之，依分哨、会哨法而核之，籍民兵、客兵而简练之，鼓乡兵而勿以官务扰之，复征沿海四十二澳兵之机警者厚其犒饷令侦贼所在而预制之，皆今日不俟再计而决者也』。章下所司确议。
〔冬十月丁亥〕，广东巡按梁天奇疏报广、惠、韶三府所属龙门、从化、增城、长宁、翁源、英德各县界中有白梅等峒，素称贼薮；春夏间，惠、潮九莲山余贼窜入其中，聚党为害。岭南守巡道布政使林贽、副使洪云蒸督令参将李相、蔡时春讨平之：因列其功级以闻。章下所司。
〔十一月〕己亥，浙江巡按萧奕辅疏报『剧贼刘香老纠众近万、联■〈舟宗〉二百余入犯宁、台、温一带，近海地方同时告警；温区内港被贼蹂躏，赖道臣杜乔林亲冒矢石、竭力堵御，地方得以稍安。参将——今升江南副总兵袁大宁任贼长驱，已勒令赴功赎罪。近复将抚臣罗汝元出镇台州，居中调度；庶指授有人，而荡平可冀也』。帝谓『海贼连艘入犯，汝元何无先事绸缪？着戴罪速督道将殚力歼除』。
戊申，苏松巡按林栋隆上言：『闽寇刘香老百艘万众乘风突犯宁波，沿海一带残毁甚惨；且直入内地攻犯昌国、石浦二城，总哨被戕，战舰荡为灰炉，海滨无复居民。所幸北风大作，卤掠以去。而温州复受辛螫，得祸尤甚于宁；瓯城岌岌，弁将束手：惨毒有不忍言者。夫宁波固两浙之门户，而苏、松与浙又信宿可通。臣今奉命按吴，唇齿之邦，隐忧均切；为今之计，协剿宜先。臣闻闽之郑芝龙拥水军北向，贼即扬帆直走金盘；奈何浙兵素强而甘出芝龙下哉！是在两省诸臣悉力鼓锐，集船会剿耳。况浙之金盘、松海、昌国、石浦、舟山等处贼船可入者，无虑数十所。宜于要害之地高筑铳台以备冲击，则贼自不敢狂突；或即以贴驾之军优以从征之饷，使之防守，可无登岸攻掠之忧矣。至通番之禁未严，或多漏网；定海关税苛刻，使商民交病，生计日蹙：则禁奸恤民，又不可不加之意也。若普陀丛林，每为贼窟；嘉靖间，尝火其庐，徙像于招宝。今日久禁弛，大盗仍往来其中；召寇兵而赍盗粮，莫此为甚！即势或不能尽毁，当如嘉靖故事，复加禁约，不许径达普陀，庶奸宄无所藏匿；岂非防患至计哉！又有沙船往来于苏松、两浙之间，有货则装载、无货则剽劫，名曰「沙贼」；浙之临山、观海，每受其害。臣谓巡盐之兼辖两浙者，控制最易；当移檄两地守巡将领严为防探、并力擒捕，使南北之寇声息不通。是防越亦以防吴，尤当亟为严饬也』。章下所司。
〔甲寅〕，浙江巡抚罗汝元疏奏：『浙省宁、台、温三府皆海寇出没之区，而近日刘香老突犯台之健跳，复攻温之黄华、盘石，直逼府城；臣酌量形势，南可顾温、北可顾宁者，莫如台州为便，遂以九月十五亲督标兵一千五百、精勇三百驰镇台州。然窥贼狡谋，若将以温为安乐国，徘徊不去；是非合三区兵一大创之，宁静无日。臣即调集各处战舰、分布诸将，于十月初三日誓师开帆，以图一鼓歼除。而沙埕一带，非闽帅协堵，难保兔脱；乞敕兵部严谕福建抚臣督令郑芝龙协力并剿，勿以邻国为壑！至师行粮从，而鼓舞兵士尤需犒赏。臣调发标兵三千五百、精勇三百、卫兵五百，例用行粮，在额饷之外；藩司那借凑处，点金无术。请将每年扣解京饷一万两暂准留用，俟事平仍解可耳』。帝谓『海寇未靖，已屡旨命剿；汝元当速行歼灭。其福建巡抚邹维琏，亦令发兵会剿。所请留饷，一并酌覆』。
〔十二月辛未〕，福建巡按刘调羹以贼首锺凌秀余党奔突汀州，百户赖其勋力战而死，贼亦即退；其勋之功不小，请加优恤。章下所司看议。
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